操作に不具合が生じた場合、複数の原因が考えられます。
以下の手順をそれぞれお試しください。

【Switch本体の強制再起動】
Switch本体の電源を12秒以上押し強制的に電源をOFFにすることができます。1～2分置いてから電源をオンにしてください。

【コントローラ登録上限数のリセット】
ホーム画面→【設定】から、｢コントローラーとセンサー」⇒｢コントローラーとの通信を切る｣を選び、画面の指示にしたがってコントローラの登録数をリセットした上で、再度ペアリングしてください。

【スティックの補正を行う】
ホーム画面→【設定】から、｢コントローラーとセンサー」⇒｢スティックの補正｣に進んでいただき画面の指示に従って補正してください。

（有線ケーブル接続の場合）【有線コントローラーの設定確認】
ホーム画面→【設定】から、｢コントローラーとセンサー」⇒｢Proコントローラーの有線通信｣に進んでいただき「ON」にしてください。