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コントローラーがSwitch本体に接続できない場合、複数の原因が考えられます。
以下の手順をそれぞれお試しください。
【Switch本体の強制再起動】
Switch本体の電源を12秒以上押し強制的に電源をOFFにすることができます。1~2分置いてから電源をオンにしてください。
【コントローラ登録上限数のリセット】
ホーム画面→【設定】から、「コントローラーとセンサー」⇒「コントローラーとの通信を切る」を選び、画面の指示にしたがってコントローラの登録数をリセットしてください。
(有線ケーブル接続の場合)【有線コントローラーの設定確認】
ホーム画面→【設定】から、「コントローラーとセンサー」⇒「Proコントローラーの有線通信」に進んでいただき「ON」にしてください。